來自儲存樣本本身和從周圍大氣中入侵。
這個來源的微生物是在樣本采集和處理過程中引入的、寄生在皮膚上的微生物，如鏈球菌、丙酸桿菌和葡萄球菌。
液氮罐中環境污染的風險，這種儲存罐既可以用液氮作冷媒，又可以用氣態氮作冷媒。研究人員發現，在5個液氮罐中，有4個儲存罐受到了環境和皮膚上的細菌較低水平的污染(芽孢桿菌、棒狀桿菌、葡萄球菌、鏈球菌、曲霉屬真菌和青霉菌)，而氣態氮儲存罐則被真菌嚴重污染(曲霉菌和青霉菌）。
罐蓋下和罐邊沿形成的霜尤其能滋生這些微生物，而這也被認定為具有潛在的污染風險，真菌孢子可以被氮氣帶到液氮罐周圍的環境中，并在氮氣冷凝后流入到其它液氮罐中。
對27個進口杜瓦瓶液氮罐中的89個樣本進行了分析，報告了細菌隨儲存時間和開罐次數的增加而增加，并且證明了液氮罐的特定位置在微生物污染的發生過程中起到了作用。總之，為了控制微生物污染的風險，必須對液氮罐的技術環境，如空氣、水、空氣過濾器、供應系統、樣本采集和處理的過程進行專門評估，以排除液氮罐中潛在的污染物。
為了保持無菌條件，應定期清潔設備，包括自動化系統的操作臂和櫥柜，以避免污染物通過樣本容器的外表面傳播。
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